分析目的

基于客戶關(guān)注的科學(xué)問(wèn)題或者我們通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研、公共數(shù)據(jù)調(diào)研，確認(rèn)研究方向，通過(guò)這些已發(fā)布的不同小鼠模型和人類(lèi)組織的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)集，挖掘數(shù)據(jù)亮點(diǎn)，分析一整套數(shù)據(jù)，揭示細(xì)胞異質(zhì)性、發(fā)現(xiàn)新的亞型、研究細(xì)胞發(fā)育和分化過(guò)程、探索細(xì)胞類(lèi)型和功能。

數(shù)據(jù)來(lái)源

TCGA，GEO等公共數(shù)據(jù)庫(kù)。

分析方法

（1）對(duì)該數(shù)據(jù)進(jìn)行了細(xì)胞類(lèi)群鑒定及注釋?zhuān)容^了不同分組各細(xì)胞類(lèi)群相對(duì)比例變化；（2）基于特別關(guān)注的細(xì)胞類(lèi)群，比如巨噬/單核細(xì)胞對(duì)其劃分細(xì)胞亞群，分析樣本中不同亞群的細(xì)胞比例及基因變化，獲得了共同發(fā)生顯著差異的基因。（3）接著針對(duì)巨噬/單核細(xì)胞亞群進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，分析三種模型共同變化的轉(zhuǎn)錄因子。（4）對(duì)樣本單細(xì)胞數(shù)據(jù)中巨噬/單核細(xì)胞進(jìn)行亞群分析，差異基因與小鼠模型做比較，獲得在樣本中發(fā)生顯著調(diào)控的基因。

分析內(nèi)容

3-5張主圖，4-5張附圖，包括：細(xì)胞類(lèi)群鑒定、細(xì)胞亞群細(xì)分、亞群間的基因差異表達(dá)分析、差異表達(dá)基因蛋白互作分析、亞群擬時(shí)軌跡分析、細(xì)胞通訊分析、免疫浸潤(rùn)分析、差異基因疾病數(shù)據(jù)庫(kù)注釋、預(yù)后模型構(gòu)建。

分析結(jié)果示例圖